El manejo efectivo de los ecosistemas marinos y costeros depende en gran medida de las capacidades de las autoridades vinculadas en la gestión de los mismos. Uno de los roles fundamentales de las autoridades es la aplicación de la ley, la cual es deficiente debido a la falta de recursos humanos, financieros, entre otros.  Esto propicia el incumplimiento de las regulaciones y facilita el abuso y la sobrexplotación de los recursos.

El CEM reconoce la importancia de la aplicación de las leyes y regulaciones para el manejo efectivo de los ecosistemas marinos y costeros. Asimismo, reconoce el papel fundamental que desempeñan las autoridades locales y nacionales en la gobernanza marina. Por lo que, el CEM mediante la transferencia de conocimientos y herramientas tecnológicas busca fortalecer las capacidades de las instituciones gubernamentales vinculadas al manejo de los ecosistemas marinos y costeros. Además, el CEM brinda acompañamiento y asistencia técnica a las autoridades pertinentes.

Por medio de las acciones de fortalecimiento institucional que el CEM está realizando, se han obtenido los siguientes logros: mejorar el sistema de registro nacional de pescadores, desarrollar una aplicación digital que permite el registro de capturas pesqueras, desarrollar un sistema de denuncias ambientales, capacitar al personal de la Fuerza Naval en temas relacionados con el manejo de los recursos marinos, participar en la revisión y la reforma de la ley de pesca, definir un set de principios biofísicos para el diseño de zonas de recuperación pesquera, diseñar protocolos de monitoreos biológicos para especies y ecosistemas marinos y costeros, definir un set de principios socioeconómicos y de gobernanza para el diseño de zonas de recuperación pesquera, entre otros.