Las pesquerías comerciales artesanales e industriales en Honduras sufren amenazas por tres razones principales:

1. Destrucción  de hábitat críticos tales como lagunas, estuarios, arrecifes de coral, bosque de manglar y pastos marinos debido a la actividad antropogénica principalmente por infraestructura urbanística costera, dragados y corte de manglares, 
2. La sobreexplotación del recurso pesquero, resultado de malas prácticas de pesca que están dañando la capacidad de auto-regeneración de los recursos y una debilidad institucional incapaz de hacer cumplir la regulación, actuando de manera desinformada y no vinculada con el sector; y 
3. Una atomización del sector pesquero que difícilmente puede tomar decisiones consensuadas que orienten el establecimiento de acciones urgentes para proteger los hábitats y especies marinas en consonancia con el sostenimiento de la actividad pesquera.  El deterioro en la salud de los recursos marinos, sumado a la pérdida de hábitat críticos conlleva de forma inevitable a la pérdida masiva del empleo y esto obliga a los pescadores y demás usuarios a realizar comportamientos ilícitos en la pesca afectando negativamente los recursos marinos.  El desconocimiento o poca información científica del estado actual de las poblaciones pesqueras y de los hábitats críticos marino costeros dificulta a los tomadores de decisiones y autoridades gubernamentales la posibilidad de implementar un efectivo manejo de los mismos.